下記の化石は地質時代から先史時代までのもので、フィリピンで発掘された。括弧内の説明は絶滅種では生息した年代。年代表記は486～404万年前は486万年前から404万年前の間と読む。億年前は古生代と中生代および新生代、万年前は新生代だけを示す。その年代区分は地質時代区分表を参照。下記は進化の系統樹の一部である。

フィリピンは東南アジアの熱帯域に位置する国である。西太平洋上にある大小さまざまな島からできている。フィリピンは世界における生物多様性のホットスポットの一つです。下記はフィリピンに分布する動植物である。